Em 2003, a divisão inaugurou o Instituto de Pesquisa Honda (HRI, na sigla em inglês) com a finalidade de incentivar as pesquisas de ponta na área de tecnologias inteligentes, que exploram áreas de conhecimento que vão além da engenharia mecânica, como por exemplo pesquisas neurológicas e de reconhecimento visual e auditivo. Desde então, o instituto conduz estudos em diversos campos ao mesmo tempo em que estabelece uma rede global de pesquisadores das ciências avançadas em suas instalações em Frankfurt, na Alemanha, no Vale do Silício e Columbus, nos Estados Unidos, e em Wako-City, na província de Saitama, no Japão.
No Vale do Silício há ainda uma operação satélite, a Honda Silicon Valley Lab, que trabalha em colaboração com o Instituto de Pesquisa Honda nos Estados Unidos.