Três critérios foram utilizados para avaliação das empresas: desempenho da rede, que envolveu dados como a evolução do faturamento e abertura de novas lojas; qualidade da rede, abrangendo os serviços prestados ao franqueado; e a satisfação dos franqueados.
A Serasa foi responsável pela coleta e análise de dados qualitativos e quantitativos das franquias e franqueados de todo o Brasil. O processo de avaliação foi acompanhado por um Comitê Gestor, composto por profissionais da área, pela Associação Brasileira de Franquias (ABF) e pela revista Pequenas Empresas&Grandes Negócios.
A revista lançou também o anuário As Melhores Franquias do Brasil 2009, com reportagens especiais e os destaques da pesquisa de avaliação do prêmio.