O Japão já havia apresentado uma reclamação em julho, mas pelas regras da OMC, deveria dar chance para uma negociação diplomática com o Brasil, cuja resposta gerou insatisfação por parte do governo japonês. Em 18 de setembro o Japão formalizou o pedido de investigação, aceito pela OMC no último dia 28, incluindo as alegações japonesas no painel que já integra os da União Europeia. O Brasil disse que não iria se opor à criação de um painel por parte do Japão, que por sua vez aceitou fazer parte do painel já estabelecido para a UE.
Durante as negociações diplomáticas, o Brasil defendeu que os seus programas são parte dos esforços para promover o desenvolvimento econômico em conformidade com os objetivos e princípios da OMC, considerando que os seus regimes fiscais e regulamentares não estavam ligados à origem nacional de mercadorias, mas sim para o cumprimento, pelas empresas interessadas, com metas relacionadas com a inovação tecnológica, capacitação de mão de obra, segurança e desenvolvimento sustentável. Por sua vez, o Japão defende que o Brasil comete três ilegalidades: a existência de um regime de impostos domésticos mais pesado para bens importados que para os nacionais, incentivos fiscais para quem produz localmente e subsídios para empresas que exportam, o que na avaliação da diplomacia japonesa discrimina empresas estrangeiras.
Também ficou estabelecido que Argentina, Austrália, China, Coreia do Sul, Estados Unidos, Índia, Rússia e União Europeia reservaram seus direitos para acompanhar e participar dos procedimentos do painel.