Outra alteração na moto 2016 ocorreu no painel de instrumentos, que traz agora indicador de autonomia restante, lâmpada Eco, que se acende quando o motor trabalha na faixa de rotação de maior eficiência, além de dois hodômetros parciais.
A Yamaha também mudou os elementos gráficos e adotou duas novas cores, bordô e azul. As opções branca e preta permanecem em linha. O modelo 2016 deixa de ter o motor somente a gasolina, que se mantinha em produção desde a chegada da flex, em 2012. Servia como opção mais acessível e também atendia regiões em que o abastecimento com etanol não traz vantagem econômica.
O motor bicombustível produz até 20,9 cavalos com álcool e foi estendido aos modelos Ténéré 250 (leia aqui) e Lander 250 (aqui).